Купил не так давно большой внешний диск для ноутбука Western Digital My Book объемом 1 Террабайт = 1024 Гигабайта. Трое суток шло непрерывное копирование с ноутбука, внешних винтов на новую толстую флешку (так мой друг называет такие внешние диски). Скопировалось около 500 гигабайт.

И, совершенно случайно, запустил дефрагментацию дисков и увидел. Толстая флешка отформатирована в FAT32 производителем. А все остальные диски в NTFS — мною. Задумался, переконвертировал FAT32->NTFS и чудо. Скорость копирования выросла примерно в 20 раз. Для сравнения 150 файлов по 100-200 кбайт копировались около 10 минут, сейчас 3000 файлов такого же размера копируются за 1-2 минуты. Чудеса!

Так что, конвертируйте все файловые системы в одну, лушче в NTFS. Тогда не будет проблем со скоростью. В Windows это команда convert g: /fs:ntfs , где g — диск, который нужно конвертировать.